La Federación fue creada en el año 1945 por un grupo de comerciantes durante la presidencia del Doctor Alberto Lleras Camargo, el 14 de mayo de 1945 en el teatro Alameda de Bogotá se convocó a la primera reunión que daría origen a la Federación Nacional de Comerciantes. Se reunieron cerca de cuatrocientas personas que se dedicaban al comercio, lideradas por Lorenzo Botero Jaramillo, ferviente devoto de la causa del comercio, que fue la persona que pagó de su bolsillo el alquiler del teatro.

De esa primera reunión se constituyó un Comité provisional de defensa del Comercio Nacional que se dio a la tarea de dotar al naciente gremio de sus estatutos, se elaboró un plan de financiación, se le dio su forma federada, que ha permanecido en el tiempo hasta nuestros días y se le dotó de personería-jurídica.